人事部門の業務遂行上、日常的に関係を持つ官公庁は、
(1) 労働基準監督署
(2) 公共職業安定所(ハローワーク)
(3) 社会保険事務所
です。

本社所在地管轄するこれらの機関との良好な関係に目を配る必要があります。
特に、本社外問題が起きたときに、本社人事部門の監督責任が問われることのないように、定期的に業務監査を行うことが望ましいです。
所轄官庁との間で問題が起きるのは、コンブライアンス違反をしているケースがほとんどです。
逆に言うと、関連諸法令を遵守している限りは、これらの機関から問題を指摘されることはないはずです。指摘されやすい問題や、労働基準監督署については36協定を組えた長時間労働、サービス残業による残業手当の未払い、不当解雇などが挙げられます。特に、サービス残業については労働基準監督署が立ち入り調査を行うケースが多く、その結果、是正勧告を受け、未払いを一括支給するようなケースも多くなっています。
公共職業安定所からは、求人上の差別、障害者雇用率の未達成、事前報告なしの大量解雇が問題視されやすいので、法令違反がないよう注意すべきです。また、社会保険事務所については、強制適用事業所であるにもかかわらず、社会保険に未加入であったり、保険料滞納・未払いであったりするケースが問題視されます。